A UEM tem vindo a cooperar com várias instituições, com o objectivo geral de capacitar-se nos domínios de ensino, investigação, extensão e gestão. Esta cooperação tem resultado em apoio para, entre outras acções, formação de curta e longa duração, abertura de novos cursos de licenciatura e de pós-graduação, financiamento de bolsas de estudo, estágios, aquisição de equipamento e de bibliografia diversa e construção e reabilitação de infra-estruturas.
Na área de investigação, destacam-se os programas de cooperação e de apoio às actividades de investigação que são centralmente coordenadas pelo Gabinete de Cooperação, nomeadamente os Programas financiados pelos governos da Bélgica, da Itália, do Reino dos Países Baixos e do Reino da Suécia.
A Suécia apoia a UEM desde 1978, com ênfase no fortalecimento da investigação. As sete fases do apoio à UEM são dominadas pela INVESTIGAÇÃO, o que permitiu o estabelecimento e consolidação da massa crítica para investigação, bem como de um mínimo de recursos necessários. O apoio permitiu o apetrechamento de laboratórios e bibliotecas, construção de algumas infra-estruturas de investigação (laboratórios), aquisição de equipamentos, formação de mais de 100 doutores e 40 mestres, criação de programas de pós-graduação (mestrado) e criação de equipas de investigação. Apesar deste desenvolvimento, persiste o desafio do reforço da capacidade institucional para incrementar a produção e a produtividade científica.
A cooperação com o Governo do Reino dos Países Baixos, na presente década, tem contado com o apoio da NUFFIC – The Netherlands Organization for International Cooperation in Higher Education (Organização Holandesa de Cooperação Internacional na área do Ensino Superior), através do Programa NICHE - Iniciativa Holandesa para o Desenvolvimento de Capacidades no Ensino Superior. O programa NICHE é um instrumento de cooperação do Governo Holandês para o fortalecimento sustentável da capacitação das Instituições de Ensino Superior (IES), ensino técnico e profissional, nos países em vias de desenvolvimento. O programa NICHE funciona com base em subvenções e é administrado pela NUFFIC – Organização holandesa para a cooperação internacional do Ensino Superior.
A Cooperação com a Empresa Eni East África materializa-se através do apoio ao pessoal académico e de investigação da UEM NO CAMPO DE Engenharia do Gás, através da organização e implementação de cursos de formação especifica de formandos previamente selecionados.
Dentre vários objectivos o Programa consiste na criação do curso de Engenharia do Gás e Geologia do Petróleo na Faculdade de Ciências e de Engenharia da UEM com finalidade de proporcionar aos formandos uma preparação de nível superior na área de Engenharia de Petróleo e Gás, permitindo que após a formação se tornem docentes da UEM.
Duração a primeira fase do Programa decorreu de 2014/2015 e a segunda fase de 2015 a 2018.
O programa graduou 8 mestres dos quais cinco na Itália e três na China.